Die St. Wipertikirche mit ihrer 1000 Jahre alten Krypta gehört zu den letzten Überresten dieses wichtigen Herrschaftsortes der Ottonen. Für Heinrich I. (919-936) und seinen Sohn Otto I., den Großen (936-973) war Quedlinburg der Ort, an dem sie am häufigsten das Osterfest feierten. In Quedlinburg war es nun wieder das Gelände in und um St. Wiperti, wo sie residierten.

In späterer Zeit wurde an diesem Platz erst ein freies Kanonikerkonvent errichtet, das im 12. Jahrhundert in ein Prämonstratenserkloster umgewandelt wurde. Nach der Reformation, die zur Auflösung des Klosters geführt hatte, wurde die Kirche bis ins 19. Jahrhundert als evangelische Pfarrkirche genutzt. Danach wurde sie in eine Scheune umgewandelt und später von der SS missbraucht. In den fünfziger Jahren des 20. Jahrhunderts ist sie wieder als Kirche hergestellt worden und wird seither in den Sommermonaten als katholische Pfarrkirche genutzt.